Oleh sebab Indonesia adalah sebuah negara kepulauan, pengangkutan laut merupakan pengangkutan penting yang menghubungkan banyak tempat di negara ini. Kapal yang banyak digunakan termasuk kapal kontena besar, berbagai jenis feri, kapal penumpang, kapal layar, dan kapal bermotor kecil.

Banyak feri melayani selat-selat antara pulau yang berdekatan, terutama antara pulau Sumatra dan Jawa, dan juga antara pulau Jawa dan pulau-pulau di Kepulauan Sunda Kecil. Di penyeberangan sibuk antara Sumatra, Jawa, dan Bali, feri yang mengangkut kapal beroperasi 24 jam per hari. Ada juga beberapa feri antarabangsa yang melayani Selat Melaka antara Sumatra dan Malaysia, dan juga Singapura, dan pulau-pulau kecil Indonesia seperti Batam.

Beberapa jaringan juga melayani hubungan laut yang lebih panjang ke daerah pulau-pulau terpencil, terutama yang terletak di timur Indonesia. Pelni melayani jalur tersebut dengan jadwal antara dua sampai empat minggu. Kapal-kapal ini merupakan sarana yang terhitung murah untuk hubungan jarak jauh antar pulau. Dan ada juga kapal-kapal swasta lain yang melayani di berbagai jalur lainnya.

Di beberapa pulau, sungai utama merupakan kunci pengangkutan kerana kekurangan jalan yang sesuai. Di Kalimantan, kapal panjang menjalani sungai-sungai dan merupakan satu-satunya cara untuk mencapai banyak tempat di dalam pulau. Indonesia memiliki jalur air yang dapat dijalani sepanjang 21.579 km (pada 2004), sekitar setengahnya di Kalimantan, dan masing-masing seperempat di Sumatra dan Papua.

Pelabuhan utama termasuk Cilacap, Cirebon, Jakarta, Kupang, Palembang, Semarang, Surabaya, dan Makassar.